火山研究队伍发出求救信号，研究中心利用遥控机器人“走火人”，发现火山口里有人员死亡，旁边还有其他阴影在移动。鉴于火山研究经费数额巨大，为避免意外情况外传影响经费，项目主持人之一皮尔斯请求以非正式渠道让X档案小组帮忙。史卡利重新归队投入工作，穆德心疼她，希望她别太辛苦，但史卡利坚持参与。 他们三人乘坐直升机抵达现场，穆德和史卡利发现研究设施遭到严重破坏。穆德在检查时，遭到成员路威格攻击，路威格称他以为穆德是项目主持人崔科斯，崔科斯正在疯狂追杀众人，目前还有路威格、田中、洁西欧尼尔三名成员存活。不过穆德觉得这三人的行为举止十分怪异。 在野外，崔科斯杀害了皮尔斯，并禁止任何人离开。穆德从崔科斯的笔记中发现，崔科斯找到了以硅为基础的生物，史卡利对此表示怀疑。 不久后，田中病情加重，穆德和路威格用担架送他去医院，途中，田中突然发作，一种不知名的生物从他喉咙里钻了出来。穆德……

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Mulder returns to Skinner and Scully while the deadly pursuit is still at hand. Led by an old photograph of his father and a group of scientists, he and Scully discover more than they could imagine in an old West Virginia warehouse. The truth, of course, may kill everyone.

乔治·柯恩斯检举鸡工厂卫生状况不佳，随后失踪。史卡利与穆德前往调查。工厂运转正常，主管杰西·豪称只有柯恩斯反映过问题。就在他们准备离开时，一名员工宝拉突然发疯挟持了杰西，最终被随行警长开枪击毙。宝拉此前已患病一段时间，柯恩斯也有相同症状，而宝拉的祖父伽可先生正是这家工厂的老板。 穆德和史卡利拜访了伽可先生，并请求解剖尸体，伽可先生答应了。伽可先生一手打造了这个小镇，让此地成为鸡肉的主要供应地。 史卡利发现宝拉患有一种极为罕见的退行性疾病，名为克雅氏病。穆德则发现宝拉虽已47岁，但外貌仍如少女，未曾衰老。 克雅氏病不会传染，但镇上又出现了新病例，一名司机驾车冲进了河里。由于河水长期受污染，已变成红色。 穆德认为这里是个藏尸的好地方，坚持进行挖掘。没想到，挖掘时竟在河中发现了大量尸体，其中就有乔治·柯恩斯。这些尸体都没有头颅，骨头异常光滑，好似……

一名杀害了五人的男子声称，他所有的受害者都是他在电视上看到的同一个战犯。穆德（Mulder）和史考莉（Scully）展开调查，发现该地区的电视信号存在异常情况。在史考莉成为下一个受害者之前，穆德必须揭开真相。

穆德（Mulder）和史考莉（Scully）调查了美国空军军官罗伯特·布达哈斯（Col. Robert Budahas）上校的精神崩溃和失踪事件，布达哈斯曾是一位备受尊敬的试飞员。穆德的调查显示，埃伦斯空军基地（Ellens Air Force base）存在一系列精神崩溃事件的模式，但史考莉认为有许多合理的医学原因可以解释所发生的事情。不久后，穆德与当地的不明飞行物爱好者取得了联系。

一位从死神名册上被除名的摄影师，通过捕捉他人的死亡瞬间来渴望重新获得死神的关注。最终他达成所愿，然而死神却背对着Scully。

印第安纳州，供职于南方废品回收站的前军人雷•皮尔斯（Wade Williams 韦德•威廉斯 饰）被认为患有海湾战争综合症，经病痛长期折磨后不幸去世。同事兼好友科特（Scott MacDonald 饰）在回家的路上遭遇离奇车祸。斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）和道吉特（Robert Patrick 罗伯特•帕特里克 饰）前来调查，发现汽车撞上了一个人形物体，而随后发现的尸体头上竟然留有5个深深的手指印。现场留下的血迹和指纹表明，凶手很可能就是已经死亡的雷。 不久后，废品回收站另一位同事哈里（Dan Desmond 饰）被杀身亡，道吉特从现场的蛛丝马迹中发现，这一连串的杀人案件皆和一种记忆金属的研究工作有关……

Scully's baby becomes a bargaining chip for a psychotic UFO cult that feels the baby is ultimately connected to a UFO they have uncovered.

共同的不明飞行物网络MUFON的档案由MUFON成员和不明飞行物专家共同分享。